Aan de typologische verscheidenheid in kerkgebouwen kwam met de Reformatie in de laatste decennia van de zestiende eeuw abrupt een einde. Voor de woorddienst van de calvinisten was diversiteit niet langer nodig. Kerken en kloosters kwamen leeg te staan, gesloopt of hergebruikt. Kerkbouw kwam in Overijssel in de twee volgende eeuwen nog slechts sporadisch voor en hierbij werd weinig vernieuwende architectuur tot stand gebracht. Een opmerkelijk voorbeeld is de kerk van Rouveen, die in 1641 in een toen archaïsche Gotische stijl werd herbouwd. Met de reformatie verdween ook de rijke decoraties van beeldhouw- en schilderwerk, die katholieke kerken hadden gekenmerkt. De overgekalkte wandschilderingen in de Hervormde kerk van Borne, ooit gewijd aan de Heilige Stephanus, kwamen pas in 1918 weer aan het licht.