De achtergestelde positie van niet-calvinisten eindigde pas aan het begin van de negentiende eeuw. Het kerkelijk gebouwenbezit werd incidenteel herverdeeld. In 1810 werd in Ootmarsum een hervormde kerk gebouwd, omdat de plaatselijke Simon en Judaskerk in 1795 weer was teruggegeven aan de katholieken. Door de vrijheid van godsdienstuitoefening tekent zich in de negentiende eeuw een grote kerkenbouwproductie af, mede mogelijk gemaakt door een subsidieregeling uit 1824. De bouwplannen werden voorgelegd en beoordeeld door het Ministerie van Waterstaat. Kerkgebouwen in de toen modieuze classicistische bouwstijl staan om die reden ook wel bekend als ‘Waterstaatskerken’. Voorbeelden van deze classicistische architectuur zijn het Hervormde kerkgebouw van Markelo, dat sinds 1840 een middeleeuwse voorganger vervangt, en de zaalkerk die in diezelfde tijd werd gebouwd in Den Ham.

Hervormde kerk te Ootmarsum	Hervormde kerkgebouw te Markelo	Zaalkerk te Den Ham

Binnen de Hervormde kerk vonden in de negentiende eeuw diverse splitsingen plaats uit onvrede met het beleid van de synode. Belangrijk waren de ‘afscheiding’ uit 1834 en de doleantie uit 1886. Beide bewegingen gingen in 1892 grotendeels op in de Gereformeerde kerk. Door de afscheiding van de Hervormde kerk verloren de kerkgemeenschappen al hun bezit. Dit leidde tot een nieuwe bouwgolf, dit keer van Gereformeerde kerken. Deze gebouwen waren eerst erg eenvoudig van aard, zoals de Scholtenkerk in Nieuwleusen (1869), maar de architectuur werd al snel ambitieuzer.
In de tweede helft van de negentiende eeuw ontstond er meer variatie in de kerkbouw, waarbij de katholieke kerk zich nadrukkelijk oriënteerde op de gotische stijl en opzet van late middeleeuwse kerken. Deze bouwstijl refereerde aan de tijd van voor de reformatie, toen deze kerk nog oppermachtig en ongedeeld was. De Kruisverheffingskerk in Raalte uit 1891 is een van de meest indrukwekkende neogotische kerken in Overijssel. Middeleeuwse kerken ontkwamen niet aan neogotische aanpassingen: de St Pancratiuskerk in Haaksbergen onderging in 1888 grootschalige wijzigingen waarbij de vijftiende-eeuwse delen van de kerk grotendeels werden vervangen door nieuwbouw. In reactie op de overweldigende neogotische kerkbouw door katholieken, gaven de protestantse kerkgenootschappen echter de voorkeur aan de (Hollandse) renaissancestijl, waarin de eerste protestantse kerken van de zeventiende eeuw waren gebouwd.

Scholtenkerk te Nieuwleusen	Kruisverheffingskerk te Raalte	St. Pancratiuskerk te Haaksbergen

De gereformeerde Cingelsekerk in Zwartsluis uit 1893 is daarvan een goed voorbeeld.
De katholieke kerk bleef tot ver in de twintigste eeuw er voor keizen om zich voor haar kerkbouw op oudere bouwstijlen te oriënteren. Een voorbeeld van een laat-neogotische ontwerp is de St Dionysiuskerk in Rijssen uit 1924. Op dat moment verschoof de aandacht al naar Romaanse architectuurvoorbeelden. De eenvoudige Romaanse bouwstijl refereerde namelijk beter aan de puurheid van de vroegchristelijke kerk. De Enschedese St. Jacobus de Meerdere uit 1932 refereert aan dergelijke voorbeelden.

Cingelsekerk te Zwartsluis	St. Dionysiuskerk te Rijssen	St. Jacobus de Meerdere te Enschede

De protestantse kerkgenootschappen kozen in de twintigste eeuw juist voor meer vernieuwende, eigentijdse bouwstijlen, zoals zich laat aanzien in de uitbreiding uit 1922 aan de Gereformeerde Höftekerk in Hardenberg of in de Gereformeerde kerk van Ommen uit 1932. Deze gebouwen werden in een expressionistische baksteenarchitectuur opgetrokken.

Gereformeerde Höftekerk te Hardenberg	Gereformeerde kerk te Ommen